La mayor concentración de la flora y fauna del municipio está ubicada al sur, en su parte cenagosa, con una extensiones de más de 200km. Este lugar está considerado como reserva natural. Las especies fundamentales son el Roble, el Cedro y vegetación boscosa típica de una ciénaga. El resto del municipio cuenta con bosques mixtos de monte alrededor de ríos y arroyos, arbustos frutales concentrados mayormente en la finca La Inés.
La mayor concentración de fauna esta en la zona cenagosa del territorio donde predominan animales como el manjuarí, maja, jutias, jutias enanas, codornices, venados, patos, gallinuelas, congas, carabalí, cerdos, aves cantoras, jicoteas, cocodrilos, biajacas, guayacanes entre otros.
En los suelos cenagosos del sur del municipio se encuentran la laguna El Pajaral que es el refugio de fauna de gran numero de aves locales, naturales y migratorias como el mayito de Ciénaga, la Sevilla, la garza azul, el zancudo y el sarapico real.
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